Одним из важнейших аналитических методов количественного определения веществ является хроматография. На базе НИИЦ регулярно проводятся исследования по определению консервантов (сорбиновой, бензойной кислот и их солей), подсластителей, сахаров (фруктоза, лактоза, глюкоза, сахарозы), органических кислоты (яблочной, лимонной, щавелевой, винной, уксусной), кофеина, микотоксинов методом высокоэффективной жидкостной хроматографии, а также определению жирно-кислотного состава масел и молочной продукции и хлорорганических пестицидов методом газовой хроматографии.