Лаборатория микробиологии проводит научно-исследовательские работы в рамках госзадания по оценке влияния внешних факторов ( УФ, СВЧ, кавитация, ионизирующее облучение и др.) на микробиологическую безопасность и качество пищевой продукции, а также оценке влияния микробиологических процессов при хранении пищевой продукции на его сохранность и качество (определение сроков хранения пищевой продукции ).

Другим направлением исследований является разработка режимов стерилизации, работа с микроорганизмами вегетативных и споровых форм, в том числе ПБА.